Ещё на этапе строительства Алтайского коксохимического завода проектом был предусмотрен уникальный природоохранный комплекс — установка биохимической очистки сточных вод коксохимического производства, позволивший реализовать на предприятии бессточную систему технического водоснабжения.

Все промышленные сточные воды на производственной площадке Алтай-Кокса находятся в замкнутом водооборотном цикле — в зависимости от процесса образования и качества они проходят многоступенчатую очистку и повторно используются в технологических процессах производства. На предприятии отсутствует сброс загрязняющих веществ в водоемы.

Технология биохимической очистки сточных вод от фенолов и роданидов с использованием микроорганизмов обеспечивает высокую, свыше 95%, эффективность очистки сточных вод.

Кроме того, все емкостное оборудование, предназначенное для хранения опасных веществ, установлено на бетонированных изолированных площадках, имеющих обваловку и оборудованных системами сбора и транспортировки дождевых, талых и дренажных вод на биохимическую очистку. Это позволяет исключить вероятность загрязнения грунтовых вод в случае разгерметизации емкостей.

Промышленные стоки на предприятии полностью исключены.